تشكّل "جيش الأبابيل" كحالة تطور عن "ألوية وكتائب أبابيل حوران" وبعد انضمام عدد من التشكيلات العسكرية الأخرى إليها، حيث أُعلن عن تشكيله بتاريخ 2 تشرين الأول/أكتوبر 2014 من مركز قيادته الرئيسي في جنوب دمشق، وضم حينها كلًا من "تجمع أحرار يلدا" و"تجمع أحرار جنوب العاصمة" و"لواء عباد الرحمن" ولواء العهدة العمرية" و"لواء زيد بن ثابت الأنصاري" و"لواء الحق" و"لواء العدالة" و"كتائب عمر بن عبد العزيز" و"لواء أسود الإسلام" في جنوب دمشق ثم انضم إليهم "كتيبة أحرار الغوطة" و"كتيبة أبو بكر الصديق" و"كتيبة الشهيد عمار حامد" وكتيبة الشهيد نور الدين".

اتخذ "الجيش" بلدة يلدا مركزًا رئيسيًا لقيادته لكن كان له تواجد في محافظتي درعا والقنيطرة، وعُرف شكري الحجي "أبو توفيق السوري" قائدًا له، كما شاركه عدة ضباط منشقين مثل "العقيد أبو محمود"  و"العقيد أبو المجد" و"الملازم أول أبو عرب" وتولى عبد الله الحريري وعبد الرؤوف الخطيب المكتب السياسي للجيش ومهمة تمثيله في المفاوضات مع قوات النظام.

وشارك في عدة تحالفات عسكرية، أبرزها "تجمع قوى الإصلاح" و"غرفة عمليات نصرة أهل القدم" و"غرفة عمليات نصرة أهل المخيم"، كما كان عضوًا في "المحكمة العامة لجنوب دمشق".

خاض "الجيش" اشتباكات ومواجهات عسكرية ضد "تنظيم الدولة" و"جبهة النصرة" بعد عام 2014، خاصة بعد سيطرتهما على أحياء مخيم اليرموك والتضامن والحجر الأسود والعسالي لاحقًا.

في 12 تشرين الأول/أكتوبر 2017، وقّع إلى جانب "كتائب أكناف بين المقدس" و"جيش الإسلام" إعلانًا لوقف إطلاق النار في جنوب دمشق برعاية مصرية وروسية وتم التوقيع في مقر المخابرات العامة المصرية.

انتهى عمل "الجيش" في أيار/مايو 2018 عندما فرضت قوات النظام التهجير القسرية على بلدات ببّيلا ويلدا وبيت سحم إلى الشمال السوري.