تشكّلت "الفرقة 69 قوات خاصة" بتاريخ 27 نيسان/أبريل 2014 في منطقة الجيدور بمحافظة درعا، وكان يقودها العقيد محمد الأسعد، ثم النقيب عبد الحكيم العيد. ونشطت الفرقة في مدن وبلدات الصنمين ونوى وخان أرنبة ومدينة درعا في محافظتي درعا والقنيطرة، كما شاركت الفرقة في عدة معارك عسكرية أبرزها: "معركة الإمام النووي"، و "معركة الله أكبر"، و "معركة وبشر الصابرين"، و "معركة عاصفة الجنوب".

انضم إلى الفرقة كلًا من "لواء أسود الإسلام"، و "لواء أحرار إنخل"، و "لواء الفاتحين"، و "لواء المرابطين" فور التأسيس، كما ضم عدة مكاتب إدارية وهي: المكتب الطبي، المكتب المالي، مكتب التسليح، المكتب الإعلامي، المكتب الإغاثي، مكتب التنظيم والتعبئة. في حين انضم إلى الفرقة كلًا من "لواء الفتح المبين" بتاريخ 10 تموز/يوليو 2014، و "لواء آل البيت" بتاريخ 30 حزيران/يونيو 2014. واندمجت الفرقة مع "جبهة ثوار سوريا - قطاع جنوب سوريا"، ثم مع "المجلس العسكري الثوري في محافظة درعا" بتاريخ تأسيس الفرقة، ثم ذُكر اسمها خلال تأسيس "جبهة ثوار جنوب سوريا" بتاريخ 1 أيار/مايو 2014، ثم شاركت بتأسيس "الفرقة 46 مشاة" بتاريخ 12 نسيان/أبريل 2016، كما شاركت بتأسيس "غرفة عمليات سجيل"، و "غرفة عمليات ألوية حوران" بتاريخ 10 آب/أغسطس 2014. وانتهى عمل الفرقة بعد سيطرة قوات النظام على محافظتي درعا والقنيطرة بعد منتصف عام 2018.