تشكّلت "كتائب أكناف بيت المقدس" في حي مخيم اليرموك جنوب دمشق أواخر عام 2012، إلا أنه لم يُعرف بالضبط تاريخ تأسيسها بالضبط حيث ظهرت إعلاميًا لأول مرة بتاريخ 3 حزيران/يونيو 2013، كما في الغوطة الغربية لدمشق وفي محافظتي درعا والقنيطرة.  

بدأت الكتائب عملها في جنوب دمشق من خلال مؤازرة الفصائل الثورية في المنطقة حيث آزرت "سرايا الحسن والحسين" خلال الربع الأول من عام 2013 في حي سيدي مقداد ثم "لواء الإسلام" في حجيرة و"ألوية أبابيل حوران" في التضامن، ثم خاضت اشتباكات ومعارك مع قوات النظام والميليشيات الموالية لها في حي مخيم اليرموك بشكل رئيسي وبقية مناطق جنوب دمشق.

شاركت "أكناف بيت المقدس" في آب/أغسطس 2013 في تحالف "الرابطة الإسلامية" والذي ضم عدة فصائل إسلامية هدفت إلى قتال فصائل أخرى في المنقطة أبرزها "لواء الحجر الأسود" بعد اتهام قياديها وعناصرها بارتكاب انتهاكات بحق المدنيين.

كما شاركت في تحالف "تجمع مجاهدي مخيم اليرموك" في العام ذاته، وساهمت في تشكيل "المحكمة العامة لجنوب دمشق".

وفي عام 2014 كانت "أكناف بيت المقدس" جزءًا من "تجمع قوى الإصلاح" الذي ضم أيضًا "لواء شام الرسول" و"جيش الأبابيل".

وفي العام نفسه تعرضت لهجوم من قبل "تنظيم داعش" بالتنسيق مع "جبهة النصرة" أدى إلى انحسارها في حي مخيم اليرموك وإطباق حصار عليها لتبرم اتفاقًا بعدها مع قوات النظام وتخرج من الحي وتعود وتدخل إلى بلدات ببّيلا ويلدا وبيت سحم التي كانت تخضع لاتفاق هدنة مع قوات النظام آنذاك.

تكونت الأكناف من كوادر معظمها فلسطينية وعُرف مأمون الجانودي "أبو جعفر" قائدًا عامًا للأكناف والذي قبضت عليه قوات النظام أواخر عام 2015 خلال كمين أثناء خروجه من المنطقة ومن ثم عرضت مقابلة تحدث فيها عن دور فصيله في قتال قوات النظام وتدريب فصائل سورية ثورية أبرزها "حركة أحرار الشام الإسلامية" و"فيلق الشام" و"كتائب الصحابة" و"كتائب شباب الهدى" في مناطق مختلفة من سوريا، وتبعيته لحركة حماس الفلسطينية، إلا أن الحركة أصدرت بيانًا في 7 تشرين الأول/أكتوبر 2015 نفت فيها اتهامها بـ "التدخل في الشأن السوري" وعلاقتها بـ "كتائب أكناف بيت المقدس" وأكدت أنه "لا معركة لها سوريا ومعركتها الوحيدة مع الاحتلال الإسرائيلي" واتهمت أن اعترافات الجانودي "أُخذت منه تحت التعذيب"، وعُرف محمد أحمد زغموت "أبو أحمد بشير" قائدًا عسكريًا لها ونضال أبو العلا "أبو همام" من قيادييها.

انتهى عملها نهائيًا بعد خروجها إلى الشمال السوري إثر التهجير القسري الذي فرضته قوات النظام على بلدات ببيلا وبيت سحم في أيار/مايو 2018.