تشكلت "كتيبة شهداء الجنوب" في محافظة درعا بتاريخ 1 حزيران/يونيو 2012، إلا أنها انتقلت بعدها للعمل في مناطق جنوب دمشق وانضمت إلى "لواء أحرار حوران" في 9 أيلول/سبتمبر 2012.

انضمت الكتيبة بعدها إلى "لواء البراء" في 2 شباط/فبراير 2013 ثم إلى "لواء فرسان حوران" في 27 آب/أغسطس 2013، وشاركت في تأسيس تحالف "جبهة ثوار جنوب دمشق" بتاريخ 26 حزيران/يونيو 2013.

تولى المساعد أول بركات أكرم عوض قيادة الكتيبة عند بداية تشكيلها، ثم تولى قيادتها رائد القاسم.