تشكلت "كتيبة سيدنا محمد" في دمشق وريفها، إلا أنه لم يُعرف التاريخ الدقيق لتأسيسها، حيث ظهرت إعلاميًا لأول مرة بتاريخ 4 تشرين الأول/ أكتوبر 2012 عند الإعلان عند تشكيل "لواء فتح الشام" واندماجها فيه برفقة تشكيلات عسكرية أخرى.

شاركت الكتيبة في حي جوبر والغوطة الشرقية في عدد من العمليات العسكرية ضد قوات النظام والميليشيات الرديفة، كما شاركت في تحالف "جبهة فتح العاصمة" بتاريخ 27 تموز/ يوليو 2013.