تشكّل "جيش الإسلام-قطاع جنوب دمشق" عند تشكيل "جيش الإسلام" الكيان الأم في الغوطة الشرقية كإعلان حالة تطور من "لواء" إلى "جيش" في 29 أيلول/سبتمبر 2013.

كانت قيادة "الجيش" المركزية في بلدة حجيرة في البداية لكنه خسرها عندما سيطرت قوات النظام والميليشيات الموالية لها على البلدة وعدد من بلدات جنوب دمشق أواخر عام 2013، لينقل مركزه بعدها إلى بلدة يلدا ثم ببّيلا.

تعرّض "الجيش" و"الاتحاد الإسلامي لأجناد الشام" لهجوم من قبل "تنظيم الدولة" عام 2015 حيث اُعتقل معظم قادته بمن فيهم قائده العام آنذاك خالد السردي "أبو عبد الرحمن" والسيطرة على معظم مقاره العسكرية في بلدة يلدا، إلا أنه و"الاتحاد" وبمساندة "لواء شام الرسول" استطاعوا استعادة السيطرة وإخلاء سبيل المختطفين ومن ثم حصار التنظيم في بلدة يلدا قبل أن يتمكن من الفرار إلى حي التضامن ومن ثم إلى حي الحجر الأسود.

وصل عدد أفراده إلى ألف عنصر بداية عام 2017 وخاض عددًا من العمليات العسكرية والمعارك ضد قوات النظام والميليشيات الموالية لها، و"تنظيم الدولة"، وشارك في تأسيس "غرفة عمليات نصرة أهل القدم" و"غرفة عمليات نصرة أهل مخيم اليرموك"، كما شارك في تأسيس "الهيئة الشرعية في جنوب دمشق" و"المحكمة العامة لجنوب دمشق"، وشارك في المفاوضات مع قوات النظام منذ الهدنة التي حدثت في بلدات ببيلا ويلدا وبيت سحم مطلع عام 2014 وحتى التهجير القسري إلى الشمال السوري الذي حدث في أيار/مايو 2018 بعد التفاوض مع روسيا.

تولى خالد السردي "أبو عبد الرحمن" قيادة الجيش "الجيش" خلفًا لـ "أبو حفص"، وعُرف السردي بتقاربه "جبهة النصرة" الأمر الذي تسبب بعزله من قيادة الجيش وتعيين "أبو البراء القلموني"، الذي أُصيب جراء قصف لقوات النظام استهدف اجتماع لقادة "الجيش" في حي الزين بين بلدة يلدا وحي الحجر الأسود قُتل على إثره أيضًا 11 شخصًا وأُصيب العشرات.

خرج "الجيش" خلال التهجير القسري الذي حدث في جنوب دمشق عام 2018 إلى الشمال السوري، وتابع عمله ضمن كتلة "الجيش" الكيان الأم في مدينة الباب شمال حلب.