تشكّلت "كتيبة مصطفى الخليلي" في دمشق وريفها، إلا أنه لم يُعرف تاريخ تأسيسها بالضبط حيث ظهرت إعلاميًا لأول مرة بتاريخ 8 تشرين الأول/أكتوبر 2012.

انضمت الكتيبة فور التأسيس إلى "لواء أحرار حوران" وتنقلت بين مناطق ريف دمشق إلى أن استقرت في جنوب دمشق، حيث شاركت هناك بعدة عمليات عسكرية ومعارك ضد قوات النظام، أبرزها "معركة السيطرة على الفوج 264" و"معركة أخبرنا رسول الله أنه في محرم" أواخر عام 2012، ولم يُعرف مصيرها فيما بعد.

عُرف زيد نواف الحراكي قائدًا لها إلا أنه يستمر طويًلا في قيادتها حيث قُتل بعد عدة أيام من تعينه، جراء اشتباكات مع قوات النظام في الغوطة الشرقية في تشربن الأول/أكتوبر 2012.