تشكّلت "فرقة الفاروق المستقلة" بتاريخ 19 تشرين الثاني/نوفمبر 2012، عقب انشقاق "موفق الجريان" الملقب بـ "أبو السوس" عن "كتائب الفاروق" في القصير، التي انقسمت حينها إلى تشكيلين، الأول "كتائب بشائر النصر" والتي تابعت نشاطها العسكري تحت مظلة "الفاروق"، والثاني هو "فرقة الفاروق المستقلة" والتي انفصلت تماماً عن عنها.

تكونت هيكلية الفرقة من أربع ألوية، وكان القائد العام للفرقة هو العقيد "عبد الإله المصري" والقائد الميداني هو "موفق أبو السوس".

اللواء الأول كان بقيادة "وردان الزهوري" ومكون من الكتائب التالية: تكون اللواء من "كتيبة الزبير بن العوام" و "كتيبة درع الإسلام" و "كتيبة جنود الحق 112" و "كتيبة الشيخ أحمد أمون"، وبتاريخ 21 كانون الأول/ديسمبر 2012 أعلنت "كتيبة عبد الله الأسعد" انضمامها للواء.

اللواء الثاني كان بقيادة "عبد الكريم جلّس" ومكون من الكتائب التالية: "كتيبة الشهيد محمد خالد مطر" و"كتيبة الشهيد محسن خليف" و"كتيبة الشهيد أبو شهد" و"كتيبة الكهف" و"كتيبة البحر" و"كتيبة الشهيد عبد الله شمس الدين" و"كتيبة السبع" و"كتيبة الوفاء" و"كتيبة خالد الأسعد" و"كتيبة السلس"، وبتاريخ 21 كانون الأول/ديسمبر 2012 انضمت "كتيبة الشهيد خضر عمار".

اللواء الثالث كان بقيادة النقيب "باسل إدريس" ومكون من الكتائب التالية: "كتائب 77" و"كتيبة الشهيد ضياء جمول" و "كتيبة محمد الزهوري" و "كتيبة المداهمة" و"كتيبة السلام" و"كتيبة الشهيد عبد الحميد بكور" و"كتيبة صقر قريش" و"كتيبة الشهيد عبد الحميد العوض" و"كتيبة الشهيد منذر الزهوري" و"كتيبة الخطاب" و "كتيبة أبو بكر" و"كتيبة بلال الحبشي"، وفي نيسان/أبريل 2013 انسحب "إدريس" من قيادة الفرقة مع مجموعته التي تدعى "كتائب 77" ولا يوجد معلومات حول قيادة اللواء الثالث بعد ذلك.

 اللواء الرابع كان بقيادة "عدنان خليف" ومكون من الكتائب التالية: "كتيبة الحمزة" و"كتيبة تل قادش" و"كتيبة العجمان" و"كتيبة خضر الرحيل" و"كتيبة يوسف حمزة" و"كتيبة الواثق بنصر الله".

منتصف عام 2013 سيطرت ميلشيا "حزب الله" وقوات النظام على منطقة القصير وانسحبت معظم الفصائل العسكرية إلى منطقة القلمون في ريف دمشق، وانهارت تشكيلاتها أو أعادت تأسيس نفسها أو اندمجت في فصائل أُخرى، أما "فرقة الفاروق المستقلة" فقد حافظت على كتلة صغيرة من مكوناتها، وفي أواخر عام 2014 اندلعت مواجهات عسكرية بين تنظيم "داعش" من جهة و"جبهة النصرة" والفصائل الثورية من جهة أخرى، حيث هدّد "داعش" الفصائل بالقتال، إذا لم يُبايعوا، وأمهلهم بضعة أيام، وفي كانون الثاني/يناير 2015 بايعت عدة فصائل في منطقة القلمون تنظيم "داعش"، كان من بينها "فرقة الفاروق المستقلة" بقيادة "موفق أبو السوس".