تشكّلت كتيبة الهندسة للمهام الخاصة بتاريخ 26 كانون الثاني/يناير 2013 في منطقة القصير في حمص بقيادة الرائد "إياد غنوم، وعملت في صفوف "كتائب الفاروق"، وتكونت من السرايا التالية: "سرية فتيان محمد" بقيادة "فهد أبو أحمد" و"سرية بيارق النصر" بقيادة "أبو البراء" و "سرية أحرار الريف" بقيادة "محمد إدريس" الملقب بـ "أبو حمزة".

توقف نشاط معظم فصائل المنطقة بالتزامن مع سيطرة ميليشيا "حزب الله" على مدينة القصير منتصف عام 2013 حيث انسحبت معظم الفصائل إلى منطقة القلمون في ريف دمشق، وانهارت تشكيلاتها أو أعادت تأسيس نفسها أو اندمجت في فصائل أُخرى، أما "فرقة الفاروق المستقلة" فقد حافظت على كتلة صغيرة من مكوناتها وبايعت تنظيم "داعش" أواخر عام 2014.