بدأ النشاط العسكري لـ "كتائب الفاروق" في منطقة القصير بتاريخ 22 أيلول/سبتمبر 2011 عبر عمليات عسكرية خاطفة، ومنذ ذلك الوقت وحتى تشرين الثاني/نوفمبر 2012 انضم بشكل متعاقب لفرع الفاروق في القصير 31 تشكيل عسكري . قاد الكتائب في البداية "عبد الرحمن العتر" ثم خرج منها في أيار/مايو 2012، وخلفه في قيادة الكتائب "موفق أبو السوس"، وقد نشطت في عدة عمليات عسكرية في المنطقة أبرزها معركة السيطرة على مدينة القصير، ومعركة السيطرة على مطار الضبعة العسكري والكتيبة المجاورة له.

في أواخر عام 2012 انقسمت "كتائب الفاروق" في القصير إلى ثلاث تشكيلات رئيسية، اثنان منهما أُعلن عن تأسيسهم في ذات اليوم بتاريخ 19 تشرين الثاني/نوفمبر، الأول هو "فرقة الفاروق المستقلة" والتي انفصلت تماماً عن الكيان العام للفاروق وقادها "موفق أبو السوس" وتكونت من أربع ألوية، وقد انهار هذا التشكيل عقب الانسحاب من القصير وبايعت كتلة صغيرة منه تنظيم داعش أواخر عام 2014، والثاني هو "كتائب بشائر النصر" بقيادة "صهيب أبو الغيداء" وضمت حينها 19 كتيبة، وقد تابعت عملها تحت مظلة الفاروق في القصير، ثم انسحبت منها بتاريخ 2 آذار/مارس 2013 ثم انضمت لـ "جيش الإسلام" بتاريخ 16 نيسان/أبريل 2013. أما التشكيل الثالث فقد كان "كتيبة البراء" التي انسحبت بتاريخ 21 تشرين الثاني/نوفمبر 2012 وأعلنت عن تطورها لـ "كتائب البراء" وذلك بعد ازدياد عدد عناصرها واندماج عدة كتائب بها، وبتاريخ 30 تشرين الثاني/نوفمبر 2012 أعلنت انضمامها لـ "لواء الحق" في مدينة حمص ثم انسحبت منه في وقت لاحق.

بعد تلك الانشقاقات استمر نشاط "كتائب الفاروق" بوتيرة أقل عبر كتلة صغيرة من الكتائب التي بقيت تعمل تحت مظلة فرع الفاروق في القصير بالإضافة إلى كتلة "كتائب فاروق بابا عمرو"، وفي منتصف عام 2013 توقف نشاط معظم فصائل منطقة القصير بالتزامن مع سيطرة ميليشيا "حزب الله" على المدينة حيث انسحبت معظم الفصائل العسكرية إلى منطقة القلمون في ريف دمشق، وانهارت تشكيلاتها أو أعادت تأسيس نفسها أو اندمجت في فصائل أُخرى.

جدير بالذكر أن "فرقة أحرار القصير وريفها" أعلنت بتاريخ 1 آب/أغسطس 2013 انضمام "كتائب الفاروق في القصير" لها وهو ما نفته الكتائب بحسب تصريح لها لـ "مؤسسة الذاكرة السورية"