تشكلت "كتيبة أحرار الغوطة" في جنوب دمشق، دون معرفة التاريخ الدقيق لتأسيسها حيث ظهرت إعلاميًا لمرة واحدة عند الإعلان عن تأسيس "لواء ثوار الشاغور" في 18 تموز/يوليو 2013.

انضمت الكتيبة لاحقًا إلى "فرقة تحرير الشام" تحت اسم "الكتيبة 52 مشاة" ثم التحقت بعدها بـ "جيش الأبابيل" لكنها كانت مبايعة لـ "تنظيم الدولة" سرًا بحسب مصدر عسكري مطلع وموثوق من بلدة بيت سحم، وانتهى عملها نهائيًا عام 2015 عندما اعتقلت "جبهة النصرة" 5 أشخاص من بينهم قائد الكتيبة آنذاك "أبو قصي كريّم" بتهمة التعامل مع قوات النظام وأعدمتهم لاحقًا.

عُرف "أبو مقداد كريّم" قائدًا لكتيبة منذ بداية تأسيسها، لكنه سلّم قيادتها "ظاهريًا" إلى شقيقه أبو قصي بسبب انخراطه في ملف "المصالحة" بعد توقيع هدنة مع قوات النظام مطلع عام 2014، وأُعدم أيضًا مع "الخليّة" التي اعتقلتها "جبهة النصرة" لاحقًا.