تشكّلت "كتيبة الشهيد محمد خالد مطر" بتاريخ 28 حزيران/يونيو 2012 في منطقة القصير في حمص، ونشطت عسكرياً في تلك المنطقة.

عملت الكتيبة في صفوف "كتائب الفاروق" في القصير، ثم التحقت بـ اللواء الثاني في "فرقة الفاروق المستقلة"، وذلك عقب انقسام "فاروق القصير" إلى تشكيلين بتاريخ 19 تشرين الثاني/نوفمبر 2012، الأول هو "فرقة الفاروق المستقلة" والتي انفصلت تماماً عن الكيان العام للفاروق، والثاني هو "كتائب بشائر النصر" التي تابعت عملها تحت مظلة الفاروق.

توقف نشاط الكتيبة بالتزامن مع سيطرة ميليشيا "حزب الله" على مدينة القصير منتصف عام 2013 حيث انسحبت معظم فصائل المنطقة إلى القلمون في ريف دمشق، وانهارت تشكيلاتها أو أعادت تأسيس نفسها أو اندمجت في فصائل أُخرى، أما "فرقة الفاروق المستقلة" فقد حافظت على كتلة صغير من مكوناتها وبايعت تنظيم "داعش" أواخر عام 2014.