تشكّلت "كتيبة المختار" بتاريخ 24 آب/أغسطس 2012 في حي القصور في مدينة حمص. عملت عند تأسيسها في صفوف "كتائب الفاروق" وخلال الانقسام الذي حدث داخل الكتائب أوائل عام 2013، انضمت الكتيبة لكتلة "أمجد بيطار" الذي شكّل كيان آخر باسم "كتائب الفاروق الإسلامية"، وأضافت الكتيبة كلمة "الإسلامية" بجوار اسمها، وبتاريخ 13 نيسان/أبريل 2013 أعلنت "كتائب الفاروق في سورية" عزل البيطار، وأن التشكيل الذي أنشأه ولم يعلن عنه بعد آنذاك، لا ينتمي لها.

بتاريخ 9 حزيران/يونيو 2012 فرضت قوات النظام حصاراً على أحياء حمص القديمة وأحياء الخالدية والبياضة وجب الجندلي والقصور والقرابيص بالحواجز العسكرية والجدر العازلة ومنع الطعام، حيث أغلقت المنفذ الأخير بين هذه المنطقة وحي الغوطة. في تموز/يوليو 2013 سيطرت قوات النظام على كامل حي الخالدية بعد أن تمكنت من اختراق تلك الجبهة عبر سيطرتها على أحياء كرم شمشم وأجزاء كبيرة من حي وادي السايح، وبتاريخ 7-9 أيار/مايو 2014 حصل اتفاق حمص المحاصرة الذي نص على خروج جميع المقاتلين إلى قرية الدار الكبيرة في ريف حمص الشمالي.

عُرف من قتلى الكتيبة كل من "رضوان النجار" و"ضياء قصاص" و "عبادة بارودي".