تشكّلت "كتائب شباب الهدى-قطاع جنوب دمشق" كجزء من الكيان الأم في الغوطة الشرقية الذي تشكل في 12 تشرين الأول/أكتوبر 2012، إلا أنه لم يُعرف تاريخ الانضمام إلى الكيان الأم.

في أواخر عام 2013 شاركت في تأسيس "الاتحاد الإسلامي لأجناد الشام" كما الحال في الغوطة الشرقية، إلا أنها عادت وانضمت لاحقًا إلى "جيش الإسلام" وذابت ضمن التشكيل الجديد لينتهي عندها فعليًا العمل تحت اسم "كتائب شباب الهدى" في جنوب دمشق.

خاضت الكتائب عدة عمليات عسكرية ومعارك ضد قوات النظام في جنوب دمشق، وعُرف من قياداتها "أبو راغب" و"أبو صالح الجعثوني" وشاركت في تحالف "الرابطة الإسلامية" الذي تشكل في 1 آب/أغسطس 2013 وخاض مواجهات عسكرية مع عدة فصائل أبرزها "لواء الحجر الأسود" بحجة ارتكاب قياديين وعناصر فيها انتهكات ضد المدنيين.