تشكّل تحالف "الفرقة الثانية-قوات خاصة" في 15 أيار/مايو 2013 في جنوب دمشق تحت جناح هيئة الأركان للجيش السوري الحر.

وضمت الفرقة "لواء أبابيل حوران" و"لواء أحفاد الأمويين" و"لواء شهداء دمشق" و"لواء العهدة العمرية" و"لواء عبد الله بن مسعود" و"لواء زيد بن ثابت الأنصاري" و"لواء حطين" و"كتائب عمر بن عبد العزيز" والتحق بهم في 23 حزيران/يونيو 2014 "تجمع أحرار جنوب العاصمة".

عُيّن "انتخابًا" شكّري الحجي "أبو توفيق السوري" قائدًا للفرقة والعقيد خالد الزامل "أبو الوليد" نائبًا له والعقيد المظلي "أبو محمد النعيمي" رئيسًا لأركان الفرقة والعقيد علي العكاري قائدًا لفرع العمليات.

شاركت الفرقة في تأسيس "الرابطة الإسلامية" في جنوب دمشق و"القيادة المشتركة في جنوب دمشق"، وخاضت عدة عمليات عسكرية ومعارك ضد قوات النظام والميليشيات الموالية لها، أبرزها "معركة إن تنصروا الله ينصركم"، كما شاركت في عملية أمنية ضد بعض الفصائل في جنوب دمشق تحت عباءة "الرابطة الإسلامية" وفق ما أسمتها "عملية تطهير مخيم اليرموك والحجر الأسود من المفسدين".

وانتهى عملها مع تشكيل "جيش الأبابيل" في 2/10/2014 والذي ضم معظم الفصائل التي ضمتها الفرقة عند تشكيلها.