تأسس المجلس تحت مظلة الائتلاف الوطني لقوى الثورة والمعارضة السورية عقب مؤتمر عقد في مدينة إسطنبول في 17و 18 نيسان/أبريل 2013 لتشكيل مجلس للسلم الأهلي يضم مختلف الفئات السياسية والمكونات والطوائف السورية، من أجل إيجاد حراك اجتماعي موسع في مختلف محافظات سوريا قبل سقوط النظام وبعده، لتلافي الانقسامات وآثارها السلبية في مجتمع متنوع النسيج، كما جاء في ميثاق الشرف الخاص بالمجلس.

وتكونت اللجنة التحضيرية للمؤتمر التي شكلها الائتلاف من عبد الكريم بكار، وأحمد عوض محمد، وزياد أبو حمدان، وسالم المسلط، ومنى مصطفى، وحسين السيد، وحسين العبد الله.

وجرى خلال المؤتمر انتخاب ممثلي المجلس لدى المحافظات السورية، بالإضافة إلى انتخاب "محمد أبو الخير شكري" رئيساً للمجلس. واتخذ المجلس السوري للسلم الأهلي من المقر الدائم للائتلاف الوطني السوري مقرا له.

وجدير بالذكر أن سجال حاد نشب بين المشاركين في المؤتمر حيث اتهمت مجموعة وصفت نفسها بـ"العلمانية" منظمي المؤتمر بعدم منح الفرصة لجميع الفئات لتشارك في تحرير البيان الختامي للمؤتمر.