تشكّلت "كتائب الفاروق الإسلامية" أوائل عام 2013، بعد انقسام داخل "كتائب الفاروق في سورية" بقيادة "أسامة جنيدي"، حيث أعلنت في بيان مصوّر عزل قائدان من صفوفها وهما "أمجد البيطار" و"بلال الجرايحي (باسم عامر)"، وأن الاثنان لم يعد لهم أي علاقة بكتائب الفاروق، وأن التشكيل الذي أنشأه "أمجد البيطار" باسم "كتائب الفاروق الإسلامية" ولم يعلن عنه بشكل رسمي آنذاك، لا ينتمي لها.

عقب الانقسام استمر كل من "كتائب الفاروق الإسلامية" بقيادة البيطار، و"كتائب الفاروق في سورية" بقيادة جنيدي، بالعمل تحت مظلة "جبهة تحرير سورية الإسلامية" ككيانين منفصلين إلى حين حلّ الجبهة بتاريخ 25 تشرين الثاني/نوفمبر 2013، وقد كان شعار الفاروق الإسلامية هو نفسه شعار الجبهة.

ظهرت الكتائب إعلاميًا لأول مرة بتاريخ 7 نيسان/أبريل 2013، ونشطت في عدة عمليات عسكرية أبرزها معركة "قادمون" و"الجسد الواحد"، وقاد الكتائب "أمجد البيطار"، وعُرف من مكوناتها كل من: "سرايا العشائر" العاملة في البادية، و"كتيبة المختار" العاملة في حي القصور في مدينة حمص، و"كتيبة دار السلام" و"كتيبة قلعة حمص" العاملتان في أحياء حمص القديمة، و"كتيبة فاروق القريتين الإسلامية" العاملة في مدينة القريتين شرقي حمص.

في حزيران/يونيو 2012 فرضت قوات النظام حصاراً على أحياء حمص القديمة وأحياء الخالدية والبياضة وجب الجندلي والقصور والقرابيص بالحواجز العسكرية والجدران العازلة ومنع الطعام، حيث أغلقت المنفذ الأخير بين هذه المنطقة وحي الغوطة. في تموز/يوليو 2013 سيطرت قوات النظام على كامل حي الخالدية بعد أن تمكنت من اختراق تلك الجبهة عبر سيطرتها على أحياء كرم شمشم وأجزاء كبيرة من حي وادي السايح، وبتاريخ 7-9 أيار/مايو 2014 حصل اتفاق حمص المحاصرة بين قوات المعارضة والنظام الذي نص على خروج جميع المقاتلين إلى قرية الدار الكبيرة في ريف حمص الشمالي. عقب الخروج استقرّت مجموعات حمص المحاصرة في ريف حمص الشمالي ومناطق شمال سوريا، أما "كتائب الفاروق الإسلامية" فقد استقر بعض عناصرها في ريفي اللاذقية وإدلب واندمجوا مع أفراد ومجموعات أُخرى من حمص معلنين في شباط/فبراير عام 2015 عن تشكيل جديد حمل اسم "جيش السنّة"، وكان آنذاك بقيادة "أمجد البيطار" أيضًا ثم جرى عزله لاحقًا.

جدير بالذكر أن جزءً من "كتائب الفاروق الإسلامية" بايع تنظيم داعش بعد اندلاع الموجهات بين فصائل المعارضة والتنظيم أوائل عام 2014، وكان على رأس المبايعين لداعش "إياد العويد" الذي كان قائدًا للفاروق الإسلامية في حمص، ثم عينه التنظيم أميرًا لحمص والمنطقة الشرقية، ثم اغتالته فصائل المعارضة بتاريخ 7 حزيران/يونيو 2014 خلال عودته من مدينة الرقة إلى مقرّه في بلدة عقيربات في ريف حماة الشرقي.