تم تشكيل كتائب الفاروق في الرقة في سبتمبر \ أيلول عام 2012، وذلك بقيادة "محمد الضاهر" المكنى "أبو عزام"، لتشارك في البدايات بالتنسيق مع كتائب الفاروق في منبج بمعارك تحرير ريف الرقة الشمالي وخاصة معركة تحرير تل أبيض ومعبرها الحدودي، إضافة إلى معارك تحرير ريف الحسكة الغربي، وصولاً إلى معركة تحرير رأس العين، والتي خاضت فيها الكتائب لاحقاً معارك ضد قوات حماية الشعب الكردية.

ثم وفي أواخر ديسمبر \ كانون الأول عام 2012 دخلت الكتائب في تحالف شمل معظم تشكيلات محافظة الرقة تحت مسمى (جبهة تحرير الرقة)، والذي أعلن فور تشكيله بدء عمليات تحرير المحافظة بشكل كامل.

شاركت الكتائب في معارك تحرير ريف الرقة وصولاً إلى معركة تحرير المدينة التي كان لها دور فاعل فيها.

بقيت كتائب الفاروق عاملة في محافظة الرقة مرابطة على الفرقة 17 التي تحصنت فيها قوات النظام في الرقة، إضافة إلى إدارتها معبر تل أبيض الحدودي.

امتلكت كتائب الفاروق منذ أبريل \ نيسان عام 2013 علاقة متوترة مع جبهة النصرة، حيث حصلت بينهما العديد من المواجهات التي كانت تنتهي بلجان صلحية، حيث كانت سيطرة (الفاروق) على معبر تل أبيض الحدودي شمال الرقة، المحرك الأكبر لتلك التوترات، مع رغبة (النصرة) بالاستفادة منه، وكان من أبرز نتائج تلك المواجهات إضعاف كتائب الفاروق بشكل كبير.

ثم وفي أواسط العام 2013 وبعد أن تشكل تنظيم الدولة، خاضت كتائب الفاروق مواجهة ضد التنظيم دفاعاً عن سيطرتها على المعبر، انتهت بسيطرة التنظيم عليه، والذي تقاسمه مع حركة أحرار الشام الإسلامية، وهو ما تسبب بإضعاف الكتائب بعد خسارتها لمورد هام، ولجزء من أعدادها الذين لم يكونوا يريدون الانخراط في مواجهات ضد التنظيم، خاصة مع حملة الاعتقالات التي شنها التنظيم ضد كل منسوبي كتائب الفاروق، لينتهي تواجدها تقريباً في المحافظة أواخر العام 2013.

مطلع العام 2014 دخل تنظيم الدولة مواجهة دامية ضد فصائل الثورة والفصائل الإسلامية شمال سوريا، ليتحرك من بقي من كتائب الفاروق لمجاولة ضرب التنظيم برفقة لواء ثوار الرقة في مدينة تل أبيض، إلا أن تنظيم الدولة تمكن من هزيمة الفصائل شمال الرقة وطردها إلى منطقة رأس العين في الحسكة.

أواخر أبريل \ نيسان عام 2014 أعلن ما تبقى من كتائب الفاروق في الرقة اندماجه ضمن صفوف لواء ثوار الرقة، وذلك لمواجهة تنظيم الدولة، حيث بقيت عاملة ضمن صفوف لواء ثوار الرقة في اندماجاته اللاحقة ضمن صفوف قوات سوريا الديمقراطية.