ويسمى أيضا بفرع المقر أو فرع الأفراد، وتسند إليه مجموعة من الوظائف المتعلقة بأعمال الديوان وإدارة شؤون العامليين والذاتية، كما يقوم بمراقبة الأداء داخل الجهاز منعاً لأي ثغرة ضمنه، ويلعب تقييمه دوراً مساعداً في ترقية أو إبعاد أو نقل العاملين ضمن الجهاز.

وتوالى على رئاسة الفرع عدّة شخصيات، آخرها اللواء "مفيد خضور" الذي عيّن في تشرين الأول/أكتوبر 2018، ، خلفا العميد برهان قدور، الذي تسّلم منصبه من العميد "يوسف عبدو"، في أيار/مايو 2012، فيما كان العميد "صلاح حماد" يشغل منصب نائب رئيس الفرع خلال عام 2012.

ويحوي بناء الفرع، الواقع في شارع 6 أيار بدمشق، على طابقين أو ثلاث طوابق تحت الأرض، حيث توجد زنازين السجناء، ونحو 16 زنزانة فردية أيضا، حيث كانت مساحة الزنزانة الجماعية قرابة 20 مترا مربعا، كانت تضم 60-75 معتقلا، بينما مساحة الزنزانة المنفردة حوالي 1.5 متر طولا – 0.7 متر عرضا، وتضم 5-6 معتقلين.

وذكر تقرير لهيومن رايتس ووتش أساليب التعذيب المتّبعة في هذا الفرع، وهي: "الضرب، الضرب بأدوات، الشبح، الصعق بالكهرباء، تهديد المعتقلين، التعريض للطقس البارد، تهديد الأقارب، الانتهاكات الجنسية".

وكان رئيس الفرع الأخير اللواء مفيد خضور قبل ذلك قائداً للواء 26 دفاع جوي في ريف حمص الشمالي.