حل "مكتب الأمن الوطني" مكان "مكتب الأمن القومي" بموجب المرسوم الرئاسي رقم 36 لعام 2012، والذي صدر بعيد تفجير مكتب "خلية الأزمة" في مبنى الأمن القومي بدمشق، في 18/07/2012، والذي أدى لمقتل أبرز شخصيات نظام الأسد، بينها "هشام بختيار" رئيس المكتب منذ 9 حزيران/يونيو 2005.

أوكلت لمكتب الأمن الوطني مهمات "رسم السياسات الأمنية في سورية"، ويرأسه منذ 9 تموز/يوليو 2019 "اللواء محمد ديب زيتون"، خلفا لـ "اللواء علي مملوك"، والذي صار نائب بشار الأسد للشؤون الأمنية.

وكان مكتب الأمن القومي يتبع للقيادة القطرية لحزب البعث، وصار بعد المرسم الرئاسي تابعا للأسد مباشرة، كما توكّل المكتب بعد تسلم "مملوك" في 2012، أدوارا أكثر قيادية ومحورية، تختلف عن طبيعة الأجهزة الأمنية الأخرى.

يُشرف مكتب الأمن الوطني على أجهزة المخابرات الأربعة الرئيسية، وهي: إدارة المخابرات الجويّة، إدارة الأمن العسكري "المخابرات العسكرية"، وإدارة المخابرات العامة "أمن الدولة"، والأمن السياسي"، ويتفرّع عن هذه الإدارات الأربع، أكثر من 50 فرعاً في العاصمة وبقية المحافظات السورية.

واللواء محمد ديب زيتون، كان يشغل قبل عام 2011 منصب رئيس شعبة “الأمن السياسي”، وعقب تفجير خلية الأزمة، عُين مديرًا لإدارة المخابرات العامة "أمن الدولة"، خلفًا للواء علي مملوك حينها.

أدرج زيتون في قوائم العقوبات البريطانية والأوروبية والكندية والأمريكية، حيث اشترك في العديد من الجرائم ضد الإنسانية مع اللواء علي مملوك، وعملا معًا في عدد الملفات ذات الحساسية العالية، وخصوصًا فيما يتعلق بإقامة علاقات وإجراء اتصالات مع أجهزة الاستخبارات الخارجية، حيث سافرا إلى العديد من الدول، أبرزها إيطاليا، منتصف عام 2016، عبر طائرة خاصة والتقيا مسؤول المخابرات الخارجية الإيطالية.