يرأس الفرع العميد "خضر خضر"، بينما يدير قسم التحقيق الرائد "راشد الجغلي".

وكان للفرع دور أساسي في قمع الحراك السلمي بمحافظة اللاذقية بعد اندلاع الثورة، قبل أن ينهي الخيار العسكري والأمني للنظام أي امكانية لنشاط احتجاجي في المحافظة التي تعدّ من أهم معاقل النظام.

استعاد الفرع نشاطه الاستخباراتي في صيف 2018، عبر حملة اعتقالات نفّذها بالتعاون مع فرع الأمن السياسي، بعدما كان فرعي الأمن العسكري والمخابرات الجوية قد احتكرا إدارة هذا الملف منذ عام 2015.

وشملت حملة الاعتقالات كل المُقيّدين لدى فروع الأجهزة الأمنية بسجلات أمنية، ممن ينشطون في العمل السياسي والمدني، من المستقلين أو أبناء أحزاب المعارضة التقليدية. الاعتقالات ركّزت على المتهمين في وقت سابق بالمشاركة في الثورة، عبر المظاهرات أو النشاطات السياسية.