يقع مبنى الفرع في شارع تمثال ابراهيم هنانو، على بعد 300 متر جنوبي التمثال، في مواجهة فرع الأمن السياسي في إدلب.

يحتجز المعتقلون داخل الفرع، في الطابق الأرضي، أو في طابق تحت الأرض، نزولا بـ 4 أو 5 درجات عبر سلم، كما يوجد نحو 20 زنزانة فردية في الطابق تحت الأرض.

من أساليب التعذيب المتبعة في الفرع "الضرب، الضرب بأدوات" الشبح" حسبما يفيد تقرير "هيومن رايتس ووتش" المعنون "أقبية التعذيب.. الاعتقال التعسفي والتعذيب والاختفاء القسري في مراكز الاعتقال السورية منذ مارس/آذار 2011".

مطلع 2018 عيّن النظام، العميد "محسن نفنوف" رئيسا للفرع، بعد 3 أعوام من عمله كقائد عسكريّ ميداني لحملة ريفي حماه الشمالي والشرقي، حيث أصيب بجروح أواخر 2017 بريف السلمية الشرقي خلال معارك مع تنظيم "الدولة الإسلامية ".

بينما كان يترأس الفرع بين 2010-2015، العميد "نوفل الحسين"، وهو من قرية البياضة بريف حمص الشرقي، وكان منذ 2007 ضابطا في الفرع، حيث شغل منصب رئيس قسم مكافحة الإرهاب والمداهمة.

ساهم الفرع بقيادة "الحسين"، بعد اندلاع الثورة، في عمليات قمع المتظاهرين بمدينة إدلب وريفها، ومارس التعذيب ضد المدنيين في أقبية الفرع بنفسه، وكان "الحسين" يتجول بدراجة نارية على حواجز ومفارز الفرع المنتشرة في المحافظة، للإشراف على عمليات الاعتقال العشوائية ضد المتظاهرين، كما أصدر أوامر لعناصر الفرع بإطلاق النار على المتظاهرين، وذلك وفقاً لشهادة العنصر المنشق عن الفرع، يوسف مصطفى الطاهر.

شارك "نوفل" بحسب شهادات محلية، على رأس الفرع، في عمليتي اقتحام جسر الشغور وأريحا وريف معرة النعمان عام 2012، ويتهم كذلك بالمشاركة في العملية الأمنية التي أدت لإلقاء القبض على المقدم المنشق "حسين الهرموش" وإعادته من تركيا، بالإضافة إلى مشاركة العميد "إبراهيم الغبن" قائد اللواء 76 دبابات التابع للفرقة الأولى في ارتكاب مجزرة تفتناز، والتي راح ضحيتها حوالي 60 مدنياً، بالإضافة إلى تفجير حوالي 170 منزل البلدة.

ارتكب فرع المخابرات العسكرية بإدلب تحت إشراف العميد "الحسين" مجزرة راح ضحيتها 12 معتقل، فيما تمكن 7 آخرون من النجاة عام 2015، كما ارتكب عناصر الفرع مجزرة أخرى في مدينة جسر الشغور حيث أُعدم 23 معتقل في مفرزة الفرع قبل انسحاب عناصر الفرع نحو مدينة اللاذقية.

ووجهت اتهامات للعميد نوفل بإصدار أوامر بتصفية عدد من المعتقلين والجنود المنشقين عن قوات الأسد في فرع الأمن العسكري والتي تمكنت قوات النظام من إلقاء القبض عليهم أثناء حملاتها المختلفة على المناطق الثائرة في محافظة إدلب.

وبعد سيطرة فصائل المعارضة على معظم محافظة إدلب في 2015، انتقل "نوفل" إلى حماة، للإشراف على تخريج دورات لصالح فرع المخابرات العسكرية، حيث نُفذت عمليات التدريب في معسكر جورين بريف حماه الغربي. ونتيجة لإجرامه الكبير بحق الشعب السوري تم إدراج العميد نوفل الحسين في العقوبات البريطانية والأوربية والكندية، وقد سرّح فيما بعد لبلوغه السن القانوني.