يقع الفرع في منطقة المشروع الأول، أمام مسجد ياسين، ويترأسه منذ تشرين الأول/أكتوبر 2018، العميد "طاهر سليمان".

ويعدّ فرع اللاذقية من أشد الأفرع الأمنية إجراما بحق أهالي المحافظة، خاصة بعد اندلاع الثورة، حيث مارس العديد من الانتهاكات بحق المدنيين، وقضى الكثير من المعتقلين نتيجة التعذيب في معتقلاته.

وشمل التعذيب بحسب تقرير "أقبية التعذيب" لهيومن رايتس ووتش "الضرب، الضرب بأدوات، الأوضاع المؤلمة (الوقوف)، بساط الريح"، وأوضح التقرير أن في المبنى منشأة اعتقال تحت الأرض، يفصلها عن الطابق الأرضي سلم من عشر درجات.

وكان يرأس الفرع بين 2011 و2015، العميد "عدنان الأحمد"، وهو المسؤول عن جميع الجرائم والانتهاكات التي ارتكبها الفرع في تلك الفترة، ومنها إضافة لتصفية المعتقلين تحت التعذيب، تسليح آلاف الشبان الموالين للنظام ضمن ما يسمى بـ "اللجان الشعبية".

فيما تسلّم الفرع في عام 2015 وحتى كانون الثاني/يناير 2018، العميد "عماد ميهوب"، والذي اتهم بضلوعه بعمليات إطلاق سراح مختطفين مقابل فدى مالية مرتفعة، كما استلم رئاسة الفرع العميد "جمال رزوق" في فترة ما، قبل نقله إلى فرع دير الزور.

وكانت كرّمت القوات الروسية كل من العميدين "طاهر سليمان" و"عماد ميهوب"، بسبب دورهما الأمني خلال الثورة.

ومن العاملين في فرع المخابرات العسكرية عام 2012 بحسب تقرير إخباري، العميد "سليمان العبد الله" وهو مستشار في الفرع، ومشرف على عمليات التعذيب، المساعد "أبو مروان" رئيس قسم التحقيق، والمساعد "أبو علي" رئيس قسم الدوريات.