يقع فرع "العمليات الخاصة" في مطار المزة العسكري، و يتألف من عدة أقسام أهمها: فرع التحقيق، وفرع المهام الخاصة الذي يرأسه العقيد سهيل الحسن الملقّب بـ "النمر" –عين رئيسا لفرع المخابرات الجوية في المنطقة الشمالية مطلع 2017-، ويتبع له كتيبة أمن وحماية المطارات التي تقع ضمن مطار دمشق الدولي، والتي ترأسها العقيد "إياد مندو" قبل استلامه فرع المخابرات الجوية في حلب خلفاً للواء أديب سلامة عام 2016.

يتمتع الفرع بصلاحيات خاصة نظرا لمسؤوليته عن حماية الطائرات المدنية والعسكرية، ويتواجد عناصره ضمن كل رحلة طيران مدنية برئاسة ضابط، وتعمل وحدة المهام الخاصة على تقديم الدعم له في حال حاجته لذلك عند تنفيذه إحدى المهام في الداخل أو الخارج، وتقدم رجال ذوي تدريب قتالي واستخباراتي عالي و تمده بالكادر البشري الأكفأ لتنفيذ المهمة.

ويشارك الفرع بالأعمال القتالية على امتداد المحافظات السورية، حيث يتواجد على شكل أقسام يمكنها الاستعانة بوحدات الدفاع الجوي والقوى الجوية والمطارات العسكرية وحتى المدنية بما فيها من طائرات وسلاح وعتاد.

وكان لفرع المهام الخاصة، وتحديدا أحد أشهر ضباطه "سهيل الحسن"، دور أساسي في قمع الحراك السلمي بداية الثورة، بتكليف من اللواء "جميل الحسن"، في أحياء: الإخلاص، والشيخ سعد، والمزة، والميدان، والزاهرة، ومخيم اليرموك، وكذلك في: دوما، وحرستا، وجديدة الفضل، وقطنا، والزبداني، ومضايا، ومعضمية الشام، وداريا بمحافظة ريف دمشق، كما أمعن في تنفيذ عمليات الاعتقال والاعتقال العشوائي، والتعذيب وتكسير الأطراف في الشوارع العامة بحق المتظاهرين، حيث كلّف

وفي عام 2012 فرز "الحسن" إلى حماة لقمع المظاهرات في المحافظة، وفي هذه الحقبة الدموية؛ شكل ما يعرف بقوات النمر، بعد إطلاق اسم "النمر" عليه نتيجة لممارسة العنف ضد المحتجين واتباع سياسة الأرض المحروقة، حيث شن عمليات عسكرية واسعة النطاق في ريف حماة الشمالي وفي ريف إدلب الجنوبي، ثم انتقل إلى جبهات ريف حمص الشرقي وشارك بقواته في حصار الأحياء الشرقية بمدينة حلب ومن ثم اجتياحها، مما أدى إلى قتل الآلاف وتشريد مئات الآلاف من المدينة في نهاية عام 2016.

ويبلغ التعداد الفعلي لفرع "المهام الخاصة" بحسب تسريبات نشرت عام 2014، 1131 بين ضابط وضابط صف وعنصر، أهمهم العميد "غسان جودت اسماعيل" –عيّن رئيسا لإدارة المخابرات الجوية عام 2019-، العميد ركن "حسن عبدو عيسى"، العقيد ركن "حبيب أحمد حسن"، المقدم "جاسم محمد الجرو"، المقدم "محمد حسن بري" وغيرهم.

و بحسب التسريبات نفسها، يبلغ تعداد قوات الدعم من القوى الجوية والدفاع الجوي التابعة لفرع المهام الخاصة 260 بين ضابط وضابط صف وعنصر، أهمهم المقدم "علي صالح الحجل"، والمقدم "عبد الكريم حسن نبعا"، والملازم أول "نابغ توفيق خليل"، والملازم أول "علاء سليمان محرز".