يغطي فرع المنطقة الشمالية محافظتي حلب وإدلب، ويرأسه منذ كانون الثاني/يناير 2017 العميد "سهيل الحسن" الملقب بـ "النمر".

ويقع فرع المخابرات الجوية في حلب، قرب دوار الأيتام في حي الزهراء، ويتألف من عدة أقسام، وله مفارز في المدن والبلدات والقرى التابعة لمحافظة حلب.

وكان يرأس فرع المخابرات الجوية في حلب بين 2006 و2016 العميد "أديب سلامة"، قبل تسلّم العميد "إياد مندو" لرئاسة الفرع بين عام 2016- 2018، بالرغم من تسلم "الحسن" لرئاسة المنطقة الشمالية منذ 2017، إلّا أن "مندو" بقي في منصبه بسبب انشغال "الحسن" بالعمليات العسكرية.

فيما يشغل العميد "صلاح بسيس" منصب معاون رئيس الفرع، كما يرأس قسم المعلومات المدنية العميد "زهير بيطار".

وتعد مسؤولية نقل المعتقلين من الفرع إلى محافظات أخرى من اختصاص العقيد "علي حسنة"، أما مسؤول المطار المدني فهو المقدم "فادي عباس".

وفي فترة ترؤسه الفرع خلال الفترة 2006-2016؛ أشرف العميد "سلامة" على عمليات القتل والاعتقال العشوائي والتعذيب الممنهج التي كانت ترتكب بصورة يومية في فرع المخابرات الجوية بحلب، حيث كان عناصر الفرع يلقون جثث المعتقلين على الطريق القريب من الفرع، كما دأب العميد سلامة آنذاك على ابتزاز أهالي المعتقلين بصورة مباشرة، وليس عن طريق عناصره.

وهاجمت فصائل المعارضة وتنظيمات إسلامية، مبنى المخابرات الجوية في جمعية الزهراء عدّة مرات، وتمكّنت في آذار/مارس 2015 من تدمير جزء من المبنى، وإخراجه عن الخدمة بتفجير نفق تحته، وقتل في العملية المدير الثاني لمكتب رئيس الفرع وآخرون خلال الاشتباكات التي تلت التفجير.

أما فرع محافظة إدلب، فكان مقر الفرع قبل سيطرة الجيش الحر على المدينة عام 2015، قرب المساكن العمالية، ويرأس الفرع العميد "أحمد عوض"، وهو من بلدة الربيعة بريف حماه الجنوبي، واتخذ عناصره بعد 2015 مقرا جديدا في بناء على طريق اشتبرق بريف إدلب الغربي، ولهم مقرات ضمن القرية مع غيرهم من عناصر الأجهزة الأمنية.