يغطي الفرع محافظات دير الزور والرقة والحسكة، ويقع مقره في مدينة دير الزور، وله أقسام ومفارز في المحافظات الشرقية.

كان يرأس فرع المخابرات الجوية في دير الزور العميد "محمد طيارة"، قبل تسلّم العميد "منذر غنام" رئاسة الفرع –غير معروف تاريخ استلامه-.

ويرأس قسم المخابرات الجوية في محافظة الحسكة العميد "حسين الصالح"، بينما يرأس قسم المخابرات الجوية في الرقة العميد "عبد الله الجدوع"، وهو من أبناء الرقة، وانتقل مكان القسم بعد خروج المدينة عن سيطرة نظام الأسد.

وعيّن في آب/أغسطس 2019 العقيد "يوسف سليمان" في منصب معان رئيس فرع المخابرات الجوية في المنطقة الشرقية.