يغطي الفرع محافظتي اللاذقية وطرطوس، ومقره في مدينة اللاذقية، حيث يتخذ من المشروع السابع في المدينة قرب تسجيلات النور مقرا له، ويتألف من عدة مكاتب؟

يرأس فرع اللاذقية العميد "سهيل العبد الله"، بينما يرأس قسم طرطوس العميد "أحمد جبارة"، وهو من دير الزور، وله أقسام ومفارز في مدن وبلدات المحافظتين.

وبحسب شهادات معتقلين منشورة في تقرير "أقبية التعذيب" لهيومن رايتس ووتش، فإن أساليب التعذيب في فرع اللاذقية تتعدد بين "الضرب، والضرب بأدوات، والصعق بالكهرباء، والفلقة، والدولاب، والتهديدات، والاعتداءات الجنسية"، كما يذكر التقرير أن للفرع مركز اعتقال تحت الأرض.

ومن كان يشغل رئاسة فرع اللاذقية خلال عام 2010 العقيد "إياد اسكندر مندو" قبل نقله إلى كتيبة أمن وحماية المطارات في مطار دمشق الدولي.