تحول مكتب الأمن القومي إلى مكتب الأمن الوطني بموجب المرسوم الرئاسي رقم 36 لعام 2012 والذي أتى بعيد تفجير مكتب "خلية الأزمة في مبنى الأمن القومي" في ذات العام والتي كانت تشرف على تطبيق الخطة الأمنية لمواجهة الحراك الثوري، أنيطت بمكتب الأمن الوطني "مهمات رسم السياسات الأمنية في سورية"، ويرأسه مدير إدارة المخابرات سابقاً اللواء علي مملوك. ترأس مكتب الأمن القومي في القيادة القطرية سابقاً محمد سعيد بختيان الذي يعتبر من بين أعضاء الحرس القديم الذين احتفظوا بمقاعدهم في القيادة في مؤتمر البعث القطري العاشر، إلى جانب فاروق الشرع والعماد حسن توركماني واللواء هشام اختيار. وكان مكتب الأمن القومي يتبع للقيادة القطرية لحزب البعث، ويجتمع أسبوعيًا ويقرر العديد من القضايا المهمة الخاصة بأمن البلاد. أما بعد المرسوم الرئاسي لعام 2012 فقد أضحى مكتب الأمن الوطني تابعاً للرئيس مباشرة كما تحول إبان استلام مملوك له من حالة التنسيق بين الأجهزة الأمنية ورفع تقارير دورية عامة وملخصات عن تقارير الأجهزة إلى حالة أكثر قيادية وتوجيهية.