تم تشكيل المجلس في 12 آذار/مارس 2012 بقيادة الرائد علي محمد أيوب بالتنسيق مع مجلس قيادة الثورة

حيث هدف المجلس إلى توحيد صفوف الفصائل العاملة في حماة و ريفها و التنسيق بينهم في المعارك

 

في 23 حزيران/يونيو 2012 تم تعيين العميد أحمد بري قائداً للمجلس و أصبح الرائد علي محمد أيوب نائباً له

و العقيد عبد الحميد الشاوي نائب للمجلس في ريف حماة .

في 14 أيلول/سبتمبر 2012 تعيّنَ المقدم حسام محمد نائباً بدلاً من الرائد علي محمد أيوب.

في بداية شهر نيسان/أبريل 2014 تمت إعادة هيكلة المجلس العسكري الثوري في حماة حيث ظهر في فيديو المقدم جميل رعدون يتلو فيه توحيد صفوف الفصائل في الريف والمدينة تحت راية المجلس بقيادة العقيد عبد الرزاق فريجة تأييداً لبيان وزارة الدفاع في الحكومة السورية المؤقتة الصادر في 30 مارس/آذار 2014 المتضمن إعادة هيكلية قيادة الأركان في الجيش السوري الحر و تشكيل غرفة عمليات واحد تقود العمليات العسكرية . هذا و بعد إقالة العميد أحمد بري من منصبه بتهمة اختلاس الأموال و سوء التصرف بها