تم الإعلان عن تشكيل الكتيبة من خلال صفحة على موقع فيسبوك جاء فيها أنهم قرروا أن يكون اسم الكتيبة التي تضم الجنود المنشقين عن جيش النظام باسم (كتيبة الإمام أبي الحسنين) والتي باتت تعرف في المنطقة باسم (كتيبة أبو الحسنين).

بدأت الكتيبة التي كانت تضم بعض المنشقين من أبناء المدينة إضافة إلى المدنيين من المتطوعين ضمن صفوف الجيش الحر بتنفيذ عمليات نوعية في مدينة الميادين وريفها، وبقي نشاطها مقتصراً على ذلك حتى أواسط العام 2012.

مطلع يوليو \ تموز عام 2012 اندمجت (كتيبة أبو الحسنين) مع عدد من كتائب المدينة مشكلين (لواء أسود السنة)، والذي باشر فور تأسيسه تكثيف عملياته التي أخذت شكل معارك تحرير، حيث شاركت الكتيبة في معارك عدة من أبرزها (معركة تحرير مدينة الميادين - معركة تحرير كتيبة المدفعية).

في سبتمبر \ أيلول عام 2012 تعرضت الكتيبة لحالة خلخلة ضمن صفوفها بعد انشقاق عدد كبير من منسوبيها بقيادة "حسام الشلوف"، والذين شكلوا (كتيبة صدام حسين)، إلا أن الكتيبة تمكنت من ترميم صفوفها لاحقاً قبيل معركة تحرير كتيبة المدفعية التي شاركت فيها.

بقيت الكتيبة ضمن صفوف (لواء أسود السنة) أثناء انضماماته اللاحقة إلى (جبهة الأصالة والتنمية) مطلع ديسمبر \ كانون الأول عام 2012 ثم (جيش أهل السنة والجماعة) بدايات أكتوبر \ تشرين الأول عام 2013، وشاركت ضمن صفوفه في معارك بادية الميادين وحصار مطار دير الزور العسكري ومعارك أحياء مدينة دير الزور.

لاحقاً مطلع العام 2014 اندلعت المواجهات بين فصائل المنطقة الشرقية وبين تنظيم الدولة، وهي المعارك التي اعتزلها لواء أسود السنة بكتائبه ومنها (كتيبة أبو الحسنين)، حتى تمكن (تنظيم الدولة) من السيطرة بشكل كامل على الأجزاء المحررة من محافظة دير الزور في يوليو \ تموز عام 2014، وليتم بذلك حل اللواء بشكل فعلي، وحل كتيبة أبو الحسنين التابعة له.