تأسست "سرية أبو عمارة للمهام الخاصة" في مدينة حلب في شهر أيلول/سبتمبر 2011، وأعلن عنها رسميًا في 20 تشرين الأول/نوفمبر 2011 بقيادة ياسر فوزي العبد (أبو جعفر)، وكانت من المجموعات الثورية المسلحة الأولى داخل مدينة حلب.

نشأت كتنظيم سري باسم "سرية أبو عمارة للمهام الخاصة" من شبان كانوا في عداد المتظاهرين والناشطين السلميين معظمهم من طلاب الجامعة للدفاع عن المتظاهرين ضد الشبيحة في مدينة حلب، قام التنظيم بعدة اغتيالات لقيادات من الشبيحة، إلى أن أعلن عن نفسه كتنظيم مسلح في تشرين.

اعتقل قائدها أبو جعفر في نهاية شباط/فبراير 2012 فانتقلت قيادتها إلى مهنا جفالة (أبو بكري)، وعلى الرغم من تحرير القائد السابق بعملية تبادل أسرى في 2014 إلا أنه لم يعد إلى قيادة التنظيم.

أعلنت السرية تبني عمليات اغتيال "خلف خطوط العدو" عبر خلايا تابعة لها في مناطق سيطرة النظام، وتحولت إلى كتيبة في آذار/مارس 2012 ، وظهر بيان لقائدها في حي صلاح الدين في مطلع آب/أغسطس 2012 تحت اسم "كتيبة أبو عمارة"، ثم تغير الاسم إلى "كتائب أبو عمارة".

انضمت الكتائب إلى عدة تحالفات مثل "لواء حلب المدينة" و"تجمع فاستقم كما أمرت"، لكنها انسحبت منها سريعًا وبقيت تعمل بشكل مستقل، وكان شعارها راية سوداء تحمل اسمها، ولم ترفع علم الثورة في شعارها وبياناتها منذ عام 2013.

التزمت الكتائب الحياد عندما شنت فصائل الجيش الحر الحرب على تنظيم "داعش" بداية عام 2014، وشاركت في الهجوم المشترك الذي شنّه فصيل "حركة نور الدين الزنكي" و"جبهة النصرة" على "تجمع فاستقم كما أمرت" داخل مدينة حلب في أشهر الحصار الأخيرة قبل سقوط المدينة في كانون الأول/ ديسمبر 2016.

وبعد خروج الفصائل من حلب انتقل عناصر وقادة الفصيل إلى إدلب، وأعلنت "كتائب أبو عمارة" الانضمام إلى هيئة تحرير الشام في 20 أيار/ مايو 2017، ولكن أعلنت "سرية أبو عمارة للمهام الخاصة" بقيادة مهنا جفالة أنها ستبقى تعمل بشكل مستقل.