تأسس المجلس القضائي في الغوطة الشرقية في 24/06/2014 من قبل أبرز الفصائل في المنطقة وهي: جيش الإسلام – فيلق الرحمن – حركة أحرار الشام – الإتحاد الإسلامي لأجناد الشام – جبهة النصرة . وكان المركز الرئيس للمجلس في مدينة دوما.

كلفت الفصائل لجنة من الشرعيين لإدارة المجلس وتضمنت أيضا بعض المحامين والمستقلين.

يعتمد المجلس القضائي للغوطة الشرقية الشريعة الإسلامية كمصدر للتشريع، وبما يتفق مع كل المذاهب المأخوذ بها

يتكون المجلس من أربع محاكم رئيسية هي: محكمة دوما – محكمة القطاع الأوسط – محكمة قطاع عربين – محكمة المرج

وتشكل قيادة شرطة الغوطة الشرقية، القوة التنفيذية للمجلس ويمنع على الفصائل اعتقال أي شخص

من الجدير بالذكر أن قبل فترة تأسيس المجلس، تواجدت عدة محاكم لم تكن تحمل الصفة المؤسساتية في مدن وبلدات الغوطة الشرقية وكانت تتبع للفصائل العسكرية على اختلاف مناطق نفوذها

انسحبت جبهة النصرة بعد شهر من تأسيس المجلس متعذرة بضعف المجلس على إنفاذ أحكامه وأسست محكمة خاصة بها. الأمر الذي قوبل بالرفض من قبل المجلس القضائي والقيادة العسكرية الموحدة، وأعلن الأول منع إنشاء أي سلطة قضائية غير المجلس القضائي الموحد في الغوطة الشرقية.

بعد اندماج فيلق الرحمن مع أجناد الشام والصدام الذي حصل مع جيش الإسلام في بداية عام 2016، انقسم المجلس القضائي إلى قسمين بحكم الواقع العسكري الجديد حيث توزعت مناطق النفوذ بين جيش الإسلام وفيلق الرحمن. ومن اللافت ذكره، أن التنسيق بين فرعي المجلس استمر لكن مع استقلالية في إنفاذ الأحكام كل في منطقته.