بعد فترة وجيزة من انتخاب الدكتور برهان [غليون] رئيسًا للمجلس الوطني فاجأ الجميع بتقديم استقالته على الهواء دون أن يُعلم أحدًا من أعضاء المجلس، وكانت مفاجأة بالفعل، والسبب الرئيسي والمباشر حقيقة كان هو حوار جرى بين الدكتور برهان وبين المجلس الثوري لمدينة حمص (مجلس الثورة في محافظة حمص)، وهو حوار متعدد الفترات ومطوَّل، وجرى تهديد الدكتور برهان: إذا لم تستقل ستخصص الثورة في المظاهرات باسمه، وكان اعتراضهم أوَّلًا على الوثيقة التي خرجت بتوافق مع هيثم مناع في القاهرة، واعتُبرت هذه الوثيقة مرفوضة من المجلس الوطني، واضطر الدكتور برهان أن يتبرأ منها ويبتعد عنها، ولم تُوقَّع. والنقطة الأخرى: المجالس الثورية على الأرض كان لها موقف سلبي جدًا منها؛ لأنَّها كانت تميل لرؤية هيئة التنسيق [الوطنية]، وكان هيثم المناع في ذلك الوقت يفاوض الدكتور برهان باسم هيئة التنسيق. 

الجوهر في القضية هو الموقف من النظام، وهيئة التنسيق تميل لمراعاة الأشياء؛ لأنها بتكوينها وحيث تكون موجودة (فهي موجودة في سورية)، بينما المجلس الوطني أخذ موقف الثوار على الأرض بتبنٍ كامل لـشعار: "الشعب يريد إسقاط النظام"، ولا يقبل بأقل من ذلك، فالموقف من النظام كان هو الجوهر. وقدّم الدكتور برهان استقالته، وحتى أنه كان هناك مناخ في المكتب التنفيذي للمجلس الوطني في الطلب من الدكتور برهان ليقدّم استقالته على أثر هذه المجريات؛ لأنَّ صوت الثورة من الداخل كان كبيرًا، واستقالة الدكتور برهان أوقعت المكتب التنفيذي في مشكلة، والإخوان [المسلمين] مصرون على بقاء الدكتور برهان، ولكن الرجل استقال، ويعرفون أنَّ [استلام] أي شخص آخر سيكون هناك صراع. وبقينا أسبوعين في المكتب التنفيذي غير قادرين على اتخاذ القرار المناسب إلى أن قدّم كل من عبد الأحد اسطيفو وأحمد رمضان أعضاء المكتب التنفيذي فكرة بأن يتمّ التوافق على الدكتور عبد الباسط سيدا، وكان الوصول إلى هذا القرار سهل جدًا، فالمهم بالنسبة لنا تحقيق التداول، وهذا يحقق التداول، والدكتور عبد الباسط جدير بأن يكون في هذا المكان. وفعلًا، لم تجرِ انتخابات، وجرى توافق على الدكتور عبد الباسط مثلما جرى على الدكتور برهان في بداية المجلس الوطني. 

المجلس الوطني فتح مكاتبًا، وكان له مكتب في القاهرة، ومكتب في طرابلس في ليبيا، ومكتب في إسطنبول، ومكتب في غازي عنتاب، وكانت المكاتب في القاهرة وليبيا تتولى رعاية شؤون السوريين، وفي إسطنبول وغازي عنتاب كانت للعمل السياسي المباشر مع اللاجئين الذين بدؤوا يتوافدون إلى تركيا.