في 1 تشرين الثاني/نوفمبر 2011، أُعلن عن تشكيل كتائب نور الدين الزنكي في بلدة قبتان الجبل بريف حلب الغربي، بقيادة الشيخ توفيق شهاب الدين، لتصبح لاحقًا إحدى أبرز الفصائل في مدينة حلب وريفها، ومن أكثرها نفوذًا وتأثيرًا في المحافظة.

بعد تشكيل لواء التوحيد في 18 حزيران/يونيو 2012، انضمت كتائب الزنكي إليه، لكنها أعلنت انسحابها منه في كانون الأول/ديسمبر من العام نفسه، وفي الشهر ذاته، انضمت إلى تجمّع ألوية "فاستقم كما أُمرت"، وتحولت إلى كتائب نور الدين الزنكي الإسلامية، حيث عُيّن الشيخ توفيق شهاب الدين قائدًا عامًا للتجمّع، في حين تولّى مصطفى برّو، المعروف بـ"صقر أبو قتيبة"، وهو قائد تجمّع كتائب السلام، منصب القائد العسكري للتجمّع الجديد، إلا أن كتائب الزنكي انسحبت من هذا التجمّع أيضًا في حزيران/يونيو 2013.

في 3 كانون الثاني/يناير 2014 انضمت كتائب نور الدين الزنكي إلى جيش المجاهدين، بهدف قتال "تنظيم الدولة الإسلامية - داعش" تحت قيادة مركزية وغرفة عمليات مشتركة، حيث تم تعيين الشيخ توفيق شهاب الدين قائدًا عامًا لـ"جيش المجاهدين"، وشاركت كتائب الزنكي، إلى جانب الفصائل الأخرى المنضوية تحت لواء جيش المجاهدين، في المعارك ضد "داعش" في ريف حلب الغربي، وتمكّنت من طرده من معظم القرى التي كان يتمركز فيها.

في 5 أيار/مايو 2014 أعلنت كتائب نور الدين الزنكي الانسحاب من جيش المجاهدين، وتأسيس حركة نور الدين الزنكي بعد انضمام عدد من المقاتلين والفصائل لصفوفها، منها "لواء أبناء الصحابة" المنشق عن "لواء التوحيد"، الذي بلغ عدد عناصره قرابة 2000 عنصر.

في 25 كانون الأول/ديسمبر 2014 أعلنت الحركة انضمامها إلى "الجبهة الشامية"، وهو تحالف ضم فصائل عدة من أبرزها: الجبهة الإسلامية، جيش المجاهدين، فيلق الشام، تجمع فاستقم كما أُمرت، جبهة الأصالة والتنمية، وحركة النور الإسلامية.

وفي 30 نيسان/أبريل 2015 أصدر مجلس شورى الحركة قرارًا بإعفاء الشيخ توفيق شهاب الدين من القيادة العامة لدواعٍ صحية، وتعيين الشيخ علي سعيدو خلفًا له.

في 6 أيار/مايو 2015 انضمت الحركة مع 13 فصيل آخرإلى غرفة "عمليات فتح حلب" لتنسيق الجهود العسكرية، وفي 17 أيلول/سبتمبر 2015 انتخب مجلس شورى الحركة النقيب محمد سعيد مصري قائدًا عامًا لها، خلفًا لعلي سعيدو، وفي 6 تشرين الأول/أكتوبر من العام نفسه، تعرّضت مواقع الزنكي في حلب لهجوم من "جبهة النصرة".

منذ تشرين الثاني/نوفمبر 2015 سعت الحركة إلى تعزيز قوتها من خلال ضم فصائل صغيرة ومتوسطة، منها كتائب تركمان سوريا المدعومة تركيًا، وشهد الشهر نفسه انشقاق 35 مقاتلًا تركمانيًا والتحاقهم بـ"جبهة النصرة"، وأدرجتها الأردن ضمن قائمة التنظيمات الإرهابية خلال محادثات أستانا.

في 28 كانون الثاني/يناير 2016، انسحبت الحركة من مواقعها في مدينة حلب لصالح "جبهة النصرة".

في شهري آذار ونيسان 2016 انضمت عدة فصائل إلى الحركة، منها "تجمع أهل السنة"، "كتائب المثنى"، "لواء فجر الشهباء"، و"كتائب ذي النورين"، وفي 16 نيسان/أبريل 2016، أعيد تعيين الشيخ توفيق شهاب الدين قائدًا عامًا للحركة، كما انضمت "كتائب أسود الشريعة" إلى الحركة في 10 أيار/مايو 2016.

في 24 آب/أغسطس 2016، شاركت الحركة في تأسيس "غرفة عمليات درع الفرات" إلى جانب فصائل عديدة مدعومة من تركيا، ثم انضمت مجددًا إلى "جيش الفتح" في 24 أيلول/سبتمبر 2016.

ثمّ في 15 أكتوبر من نفس العام غادرت أربع كتائب من الجبهة الشامية (كانوا أيضًا أعضاء سابقين في لواء التوحيد) وانضموا إلى حركة الزنكي قبل أن يعلن لواء التوحيد العامل في حلب في اليوم نفسه اندماجه الكامل ضمن حركة نور الدين الزنكي. 

وفي 3 نوفمبر 2016 م أعلن لواء "سيوف الشام" العامل في ريف حلب الشمالي، انضمامه إلى صفوف حركة نور الدين الزنكي، وبحلول 15 نوفمبر 2016 م رحبت حركة نور الدين الزنكي بانضمام كل من لواء أحرار سوريا وكتائب سيوف الشهباء إلى صفوفها، بالإضافة إلى انضمام جيش الشمال إلى الحركة في 16 نوفمبر 2016 م.

في 28 كانون الثاني/يناير 2017، أعلنت الحركة اندماجها إلى جانب فصائل أخرى كـ "جبهة فتح الشام" و"جيش السنة" ضمن ضمن "هيئة تحرير الشام"، وفي 20 تموز/يوليو 2017، انسحبت من الهيئة بعد اندلاع اشتباكات مع "أحرار الشام". وبعد أيام، سيطرت الهيئة على مدينة إدلب بالكامل، وعادت الاشتباكات لتندلع مجددًا بين الزنكي والهيئة في شمال إدلب وريف حلب الغربي.

في أواخر كانون الأول/ديسمبر 2017 أعلنت "كتائب فرسان الشمال" انضمامها لحركة نور الدين الزنكي، وفي كانون الثاني/يناير عام 2018 أعلنت "كتائب ثوار الشام"، "لواء بيارق الإسلام"، "كتائب أنصار الدين" انضمامها إلى الزنكي.

في 20 كانون الثاني/يناير 2018، ساهمت الحركة في تأسيس "غرفة عمليات غصن الزيتون" ضد "قوات سوريا الديمقراطية - قسد" في منطقة عفرين بريف حلب، وفي 18 شباط/فبراير 2018 اندمجت مع "أحرار الشام" في "جبهة تحرير سوريا" بقيادة حسن صوفان، وتولى توفيق شهاب الدين منصب نائب القائد العام.

في 1 آب/أغسطس 2018 انضمت جبهة تحرير سوريا إلى الجبهة الوطنية للتحرير التي شكّلت لاحقًا أكبر كيان عسكري معارض لنظام الأسد.

في كانون الثاني/يناير 2019 شنّت "هيئة تحرير الشام" هجومًا على حركة الزنكي، أدى إلى فقدان الأخيرة كل معاقلها في ريف حلب الغربي، واضطرارها للانسحاب إلى منطقة عفرين، وفي 25 آذار/مارس 2019، أعلنت الحركة حلّ نفسها وتشكيل فصيل جديد باسم "اللواء الثالث"، وانضمّت إلى "فيلق المجد" ضمن "الجبهة الشامية" في إطار الجيش الوطني السوري.

تضمّ الهيكلية التنظيمية للحركة قبل حلّها: مكتبًا عسكريًا (يضم 33 كتيبة و5 سرايا)، مكتبًا أمنيًا (يضم 10 مخافر شرطة و15 حاجزًا)، مكتبًا للتسليح، وآخر مالي وإداري، إلى جانب مكتب سياسي للعلاقات العامة.