كانت تُسمى سابقاً "أمن الدولة"، وأُنشئت عبر المرسوم رقم 14 لعام 1969، ثم تم تعديله بالقانون رقم 495 لعام 1971 بعد استيلاء حافظ الأسد على السلطة.

تتبع هذه الإدارة لرئيس الجمهورية بشكل مباشر تحت مسمى الوحدة 1114 دون المرور على أي جهاز أو وزارة إلا في حال التنسيق مع "مكتب الأمن الوطني".

وتضم إدارة المخابرات العامة اثني عشر فرعاً مركزياً، إضافة إلى فروع عاملة في جميع المحافظات. كما تضم الإدارة المعهد العالي للعلوم الأمنية الذي استحدث في عام 2007، بُغية إخضاع المبتعثين والمندوبين للخارج لدورات أمنية مكثفة. وتتميز إدارة المخابرات العامة أن فيها عدداً كبيراً من المتعاقدين المدنيين، أما ضباطها فيتم انتدابهم من وزارتي الدفاع والداخلية.

وتُعتبر إدارة المخابرات العامة حسب قانون تشكيلها إدارة مدنية إلا أن جميع العسكريين العاملين منتدبون للإدارة من طرف وزارتي الدفاع والداخلية، حيث يتبع العنصر مالياً وتنظيمياً للجهة المنتدب منها، أما العناصر المدنيون فيخضعون لقانون العاملين الموحد. ويُسيطر هؤلاء الضباط بشكل كامل على مراكز القوى والقيادة والتوجيه، أما المدنيون فعملهم إداري ضمن الأفرع وتحت سلطة العناصر العسكريين. وتبلغ نسبة العلويين بين الإداريين حوالي 70% أما الباقي فهم من بقية الطوائف، عدا المجندين في قوات الأسد، الذين يتم فرزهم إلى الإدارة ويكلفون بالحراسة والحجابة وبعض الأعمال الإدارية.

وتتألف هيكلية إدارة المخابرات العامة من:

1- مدير إدارة المخابرات العامة: ويشغل المنصب منذ تموز/يوليو 2019 اللواء حسام لوقا، بعد انتقال اللواء محمد ديب زيتون إلى رئاسة مكتب الأمن الوطني.

2- معاونو مدير إدارة المخابرات العامة، حيث يوجد أكثر من معاون لمدير الإدارة، يُعيّنوا بمرسوم، وتُحدد صلاحياتهم واختصاصاتهم وحقوقهم وواجباتهم، بموجب قرار يصدر عن مدير الإدارة، ومنهم اللواء محمد خلوف واللواء زهير الحمد.

3- فرع المعلومات 255: مهمته الحصول على كل المعلومات السياسية والاقتصادية والاجتماعية، وفيه تصب كل المعلومات من كل الفروع المركزية وفروع المحافظات.

4- فرع التحقيق 285: فرع مركزي مختص بالحقيق بالمعلومات المحالة من الأفرع.

5- فرع مكافحة الإرهاب 295: معروف باسم فرع نجها، ومختص بتخريج متطوعين لصالح الإدارة، بالإضافة لتدريب عناصرها، وكان من أوائل الأفرع التي أسندت إليها مهمة قمع الحراك الثوري في درعا وبانياس.

6- فرع مكافحة التجسس 300: يختص بمتابعة الأجانب والمشبوهين بتعاملهم مع الجهات الخارجية سواء أكانوا أفرادا أم مؤسسات.

7- الفرع الخارجي 279: يدير محطات الاستخبارات الخارجية في السفارات والقنصليات حول العالم، ومن مهامه مراقبة المواطنين السوريين المغتربين ونشاطاتهم السياسية والاجتماعية.

8- الفرع الفني 280: مختص بعمليات التنصت والتشويش والمراقبة الفنية، إضافة لدعم الأفرع بجميع المستلزمات الفنية والتقنية.

9- الفرع الداخلي 251: هو فرع الإدارة في دمشق، كما أنه مسؤول عن المخابرات المضادة داخل سوريا وخاصة في دمشق وريفها، ويتدخل في تعيين المسؤولين الحكوميين ورؤساء النقابات غرف التجارة وغيرها من المفاصل الرئيسية في الدولة، وقد جرت العادة أن يكون رئيس الفرع من الطائفة العلوية حصراً. ومن الأشخاص الذين تم تكليفهم سابقاً برئاسة هذا الفرع بهجت سليمان ومحمد ناصيف وتوفيق يونس وأحمد ديب. ويضم بداخله قسماً يُعرف بالقسم أربعين، يُعد وفقاً لصلاحياته وسلوكياته إدارة كاملة وأسندت مهمة إدارته لمدة طويلة لحافظ مخلوف.

10- فرع التدريب أو الغوطة 290: ويختص بالدورات التي تهدف لرفع سوية عناصر الإدارة سواء المتعلقة بالعلوم الأمنية أو الإدارية أو التقنية أو الفنية.

11- الفرع الاقتصادي 260: ويختص بالمتابعة والتحقيق في جميع القضايا المتعلقة بالاقتصاد والإدارة سواء على مستوى المواطنين أو الشركات الخاصة والعامة.

12- الفرع 111: فرع محتص بمكتب مدير الإدارة العامة للمخابرات، وينظم جميع الملفات التي يشرف عليها مباشرة مدير الإدارة، ومعظم العاملين فيه من الطائفة العلوية.

13- فروع المخابرات العامة في المحافظات: وتأخذ أرقام ثلاثية، حيث يوجد في كل محافظة فرع تابع لإدارة المخابرات العامة، كما توجد فيها أقسام مشابهة للفروع المركزية بدمشق، وتتمتع بنفس اختصاصاتها ولها نفس عملها لكن في حدود المحافظة. ويتبع لكل فرع منها أقسام ومفارز تتوزع في مختلف أرجاء المحافظة، ولكل بلدة أو قرية عنصر أمني مسؤول عنها، وعن إجراء الدراسات الأمنية فيها، وعن عمليات الاستدعاء للفروع الأمنية، وبذلك تغطي الإدارة جميع المناطق أمنياً وتضم الآلاف من العناصر والمخبرين والمندوبين في كل المدن والبلدات والمؤسسات الخاصة والعامة.

ومن ضمن أفرع المحافظات، فرع أمن الدولة في حلب 322، وفرع أمن الدولة في حمص 318، فرع أمن الدولة في دير الزور 327.