مظلة سياسية للمعارضة السورية تميز نفسها على أنها من معارضة الداخل تجمع عدة أحزاب قومية وشيوعية واشتراكية. وتضم الهيئة حالياً كل من حزب الاتحاد الاشتراكي العربي الديمقراطي، وحركة الاشتراكيين العرب، وحزب البعث الديمقراطي، وحزب العمل الشيوعي، والحزب الشيوعي السوري- المكتب السياسي (لجنة التنسيق)، والحزب الديمقراطي الاجتماعي، والجمعية الأهلية لمناهضة الصهيونية، والتيار السوري للبناء والتجديد، بالإضافة إلى شخصيات مستقلة. وقد انسحب منها على مراحل مختلفة كل من حزب العمال الثوري العربي، وهيئة الشيوعيين السوريين، والحزب اليساري الكردي - محمد موسى، وحزب يكيتي الكردي - إسماعيل حمو، وحزب الاتحاد الديمقراطي، والحزب الديمقراطي الكردي السوري- جمال ملا محمود، وحركة معاً، وحزب الاتحاد السرياني - جورج شمعون.

بدأت محاولات تشكيل هيئة التنسيق الوطنية بتاريخ 25 آذار 2011، وتم طرح مبادرة لإيجاد شكل من أشكال التوافق السياسي بين أحزاب المعارضة، وإيجاد إطار تنظيمي لجمعها. وتبنى هذه المبادرة مجموعة من الشخصيات المستقلة، أخذت على عاتقها مهمة التواصل مع جميع مكونات المعارضة لإنضاج المبادرة والعمل على تحقيقها. حددت هذه اللجنة خمسة أهداف للهيئة المأمول تشكيلها، أولاً، إيجاد بوصلة سياسية للحراك الشعبي؛ ثانياً، قطع الطريق أمام النظام في انتهاز خلافات أطراف المعارضة؛ ثالثاً، التخفيف من المبادرات الفردية والممارسات أحادية الجانب للمعارضة؛ رابعاً، طمأنة الشارع السوري بإمكانية تشكيل كتلة سياسية قادرة على إدارة مرحلة انتقالية؛ خامساً، توجيه رسالة للمجتمع الإقليمي والدولي بوجود بديل مرحلي ومؤقت ذي مصداقية للنظام.  

وجهت دعوات للانضمام لكل من التجمع الديموقراطي، وإعلان دمشق للتغير الوطني الديموقراطي، تجمع اليسار الماركسي، الحركة الوطنية الكردية، وشخصيات من جماعة الإخوان المسلمين، وأخرى مستقلة من المثقفين والحقوقيين داخل وخارج سورية. ونتج عن هذه الاتصالات اتفاق اثني عشر حزباً على تشكيل هيئة التنسيق الوطنية لقوى التغيير الديموقراطي في الـ 25 من حزيران 2011.  لم يستجب إعلان دمشق للدعوة معللاً رفضه عدم توفّر توازن قوى مكافئ للنظام وأن مثل هذه المبادرات قد يستغلّها النظام، كما لم يسجل حضور أي جماعة سياسية إسلامية في التأسيس. ويعود سبب رفض إعلان دمشق حقيقة لعدم ثقة أعضائه بأداء الأعضاء المؤسسين للهيئة وخوفهم من تدني سقف مطالبهم وقابليتهم للقبول بالحوار مع النظام إضافة إلى إرث قديم من فشل هذه المحاولات سابقاً مع قادة التجمع الديمقراطي وبعض الشخصيات المستقلة.  أمّا بالنسبة لجماعة الإخوان، فتتعدد الأسباب ما بين التنظيمية والأيدلوجية، ولكن أهم ما دفعها لعدم التجاوب هو وجود قيادة الهيئة في الداخل، بالإضافة إلى غياب الدعم الإقليمي أو الدولي لتأسيس الهيئة.

أعلن تشكيل الهيئة بعد خمسة أيام في الـ 30 من حزيران 2011 بمؤتمر صحفي بدمشق، وطالبت فيه النظام بوقف الخيار العسكري، والإفراج عن كافة المعتقلين، وتشكل لجنة تحقيق مستقلّة لمحاسبة المسؤولين عن قتل المدنيين، ورفع حالة الطوارئ، وإلغاء المادة الثامنة من الدستور، وتشكيل حكومة انتقالية مؤقتة تدعو لهيئة تأسيسية وطنية لوضع مشروع دستور جديد أمام الشعب للاستفتاء عليه. ورد في بقية البيان نقاط أخرى تعبّر عن رؤية الهيئة السياسية لما يجب أن تكون عليه سورية المستقبل خصوصاً بما يتعلق بحقوق الإنسان وفصل السلطات ومدنية الدولة وإصلاح أجهزتها الأمنية، ولكنها لم تطرق إلى المطلب الأهم شعبياً وهو إسقاط النظام بشكل كلّي ورمزية رحيل بشار الأسد. 

تألفت الهيكلية الإدارية المعلنة لهيئة التنسيق الوطنية من مستويات قيادية تراتبية تشكل إطار آلية اتخاذ القرار فيها، وتبدأ من تنسيقيات الهيئة وهي موزعة على البلدات والقرى وتقوم بتنفيذ سياسات الهيئة وبنقل مطالب الشعب إليها، ثم فروع الهيئة التي تتشكل في كل محافظة وتضم جميع التنسيقات التابعة لها، بالإضافة إلى فروع في الدول الأجنبية، ثم المجلس الوطني الذي يتشكل من أعضاء قيادات الفروع في المحافظات المنتخبين ومن ممثلي الأحزاب والكيانات السياسية وممثلي الحراك الشعبي، ويعد المجلس أعلى سلطة داخل الهيئة والمسؤول عن رسم السياسات العامة لها. ينتخب المجلس الوطني مجلساً مركزياً يتولى صلاحيات المجلس الوطني في الفترة ما بين مؤتمرين للمجلس، وبدوره يقوم المجلس المركزي بانتخاب مكتب تنفيذي يكون مسؤولاً عن تنفيذ سياسات الهيئة، ويرأس هذا المكتب المنسق العام ويكون هو الناطق العام الرسمي باسم الهيئة ويمثلها في جميع المحافل السياسية. انبثق عن المكتب التنفيذي كل من المكاتب التالية: مكتب العلاقات الخارجية، ومكتب الإعلام، ومكتب الشؤون القانونية والدستورية، ومكتب الدراسات والتوثيق، ومكتب الشؤون التنظيمية، ومكتب المرأة، ومكتب متابعة الملف الإنساني وحقوق الإنسان، ومكتب الشؤون الاجتماعية. أما الدورة الانتخابية داخل هيئة التنسيق فمدتها عامان. ويتولى منصب المنسق العام للهيئة منذ تأسيسها حتى الآن حسن عبد العظيم.

أسست الهيئة فرعاً لها خارج سورية في أيلول/سبتمبر 2011 أطلق عليه هيئة التنسيق الوطني في المهجر بهيكلية مشابهة لفرع الداخل. وقد ترأس فرع المهجر هيثم مناع إلى حين انسحابه من الهيئة في 13 نيسان/أبريل 2014، ثم أعلنت الهيئة إعادة هيكلة فرع المهجر في شباط/فبراير 2015 وانتخب كل من ماجد حبّو رئيساً للفرع، وإبراهيم معروف وخالد عيسى نائبين له وصدى حمزة أمينة للسر، وفي آذار/مارس 2015 أعلن أربعون عضواً من فرع المهجر استقالتهم على رأسهم رئيس فرع المهجر ماجد حبو، بسبب ما وصفوه "تجاوزات تنظيمية داخلها" ولا يوجد أي نشاط لفرع المهجر منذ ذلك الوقت.

انخرطت الهيئة في تأسيس الهيئة العليا للمفاوضات بنسختها الأولى التي تأسست عام 2015 وحصلت على خمسة مقاعد فيها، حيث تولى تمثيلها كل من أحمد العسرواي، وزياد وطفة، وصفوان عكاش، ومحمد حجازي، ومنير بيطار. شاركت الهيئة في النسخة الثانية من الهيئة العليا للمفاوضات التي تأسست عام 2017 وحصلت أيضاً على خمسة مقاعد فيها حيث تولى تمثيلها كل من حسن عبد العظيم، وأليس مفرج، وأحمد العسراوي، وصفوان عكاش، ونشأت طعيمة. شاركت الهيئة من خلال هذه المظلة في اللجنة الدستورية ويمثلها داخل اللجنة كل من أليس المفرج، و محمد السعدي، و صفوان عكاش، وإدوارد حشوة، ويحيى عزيز، وأحمد العسراوي، ومحمد علي صايغ.

في 2 أيار/مايو 2017 أعلن القيادي المستقيل من هيئة التنسيق منذر خدام عن تأسيس كيان جديد تحت مسمى هيئة التنسيق الوطنية – حركة التغيير الديمقراطي لإعادة الهيئة إلى الخط السياسي الوطني الذي نشأت عليه بحسب ما جاء في بيان الإعلان عنها. وقد سبق ذلك خلافات حول نتائج مؤتمر الرياض 1، وحول أداء الهيئة العليا للمفاوضات لقوى الثورة والمعارضة السورية بشكل عام.